Η υπογραφή κώδικα είναι μια μέθοδος χρήσης ενός πιστοποιητικού X.509 για την τοποθέτηση ψηφιακής υπογραφής σε αρχείο, πρόγραμμα ή ενημέρωση λογισμικού που εγγυάται ότι το αρχείο ή το λογισμικό δεν έχει παραβιαστεί ή παραβιαστεί. Είναι ένα μέσο παροχής πρόσθετου επιπέδου διασφάλισης στον χρήστη ότι το προϊόν είναι αυθεντικό και ασφαλές στη χρήση. 

Οι προγραμματιστές λογισμικού υπογράφουν ψηφιακά τα προγράμματα λογισμικού, τις εφαρμογές και τα προγράμματα οδήγησης τους, με πιστοποιητικά υπογραφής κώδικα για την αποφυγή παραβίασης ή παραβίασης εφαρμογών από μη εξουσιοδοτημένα μέρη.

Αυτά τα ψηφιακά πιστοποιητικά είναι ιδιαίτερα χρήσιμα σε εφαρμογές που διανέμονται μέσω του Διαδικτύου, όπου οι εφαρμογές μπορούν να περάσουν από έναν αριθμό ύποπτων μερών ή ιστότοπων πριν τελικά ληφθεί και εγκατασταθεί.

Οι μη υπογεγραμμένες εφαρμογές μπορούν εύκολα να τροποποιηθούν ώστε να περιλαμβάνουν κακόβουλο λογισμικό ή ιούς και αυτές οι μη αξιόπιστες εφαρμογές θα εμφανίζουν προειδοποιητικά μηνύματα με αποτέλεσμα χαμηλότερες αποδόσεις εγκατάστασης. Ένα πιστοποιητικό υπογραφής κώδικα που εκδίδεται από μια αξιόπιστη αρχή έκδοσης πιστοποιητικών όπως το SSL.com μπορεί να αποτρέψει όλα αυτά τα προβλήματα.